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牡丹社事件是發生於1874年（清同治十三年，日本明治七年），日本以1871年八瑤灣事件殺害琉球國的琉球族為由，藉口出兵攻打台灣南部原住民各部落的軍事行動，以及隨後大清政府和日本國兩方的外交折衝。在日本，這次事件被稱為「台灣出兵」、「征台之役」或「台灣事件」。這也是日本自從明治維新以來首次對外用兵。 1874年（清同治十三年）5月12日，日軍於社寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登陸，而排灣族從車城鄉統埔村友好的漢人那邊得知日軍行動，事先在要道石門埋伏。5月18日到5月21日，日軍與台灣原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，日本陸軍中佐佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到排灣族強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，排灣族在裝備劣勢和人數劣勢下被迫撤兵，牡丹社頭目阿祿古父子身亡。經此一役，多數採觀望態度的原住民皆靠向日本。6月1日起日軍分三路掃蕩牡丹社、高士佛社、射不力社等原住民，沿途只有小規模抵抗，原住民人撤入山中，日軍佔領村落後焚燒村屋並撤回社寮營地。7月1日，牡丹社等終於投降。 之後日軍移營龜山（今車城鄉國立海洋生物博物館附近）長期駐紮，卻因氣候與衛生因素飽受瘧疾等熱帶疾病之苦，據日方紀錄，參與行動的日軍與隨軍人員5,990人共回報了1萬6,409件的患病紀錄，呈現出平均1人患病2.7次的慘況，而561名的病死者更達實際戰死者的數十倍之多。 在大清方面，不言賠償兵費，而將五十萬兩白銀拆成十萬兩的「撫卹」與四十萬兩的「購買道路房屋」，算是在保存顏面的情況下息事罷兵。投降的原住民被授予日本國旗，在他們的村莊上空飄揚，他們認為這是與日本和平和免受敵對部落侵害的象徵，然而，日本人將其視為對原住民具有管轄權的象徵。此事件也為日後日本帝國的野心提供了有益的預演。在日本的一些圈子裡，台灣已經被視為潛在的日本殖民地。 在日本國內，這一​​行動也安撫了明治政府內部那些推動更激進的外交政策，以及因政府在1873年拒絕進攻朝鮮而憤怒的人。重要的是，牡丹社事件發生在佐賀之亂後不久，由西鄉從道（西鄉隆盛的弟弟）領導，主要由前薩摩和佐賀武士組成。 但因為條約中有日本出兵是「保民義舉」字句，日本據此認定清國政府不否認琉球是日本的屬地。（1875年）繼續進行「琉球處分」，令琉球終止向大清朝貢，復在1879年迫使琉球國王尚泰移住東京，派軍警進駐琉球，廢止「琉球藩」改設「沖繩縣」，但大清並未放棄琉球宗主權對日本提出抗議。1880年，在前美國總統格蘭特調解之下，日本提議及外務省底線將割琉球群島以北歸日本，南邊的宮古、八重山島屬大清，清國政府則提出北邊的奄美群島歸日本，中間的琉球群島歸琉球國，南邊的八重山群島(含八重山、宮古島等)歸大清，最後並未成案。直到1894年甲午戰爭日本擊敗清國，台灣割讓給日本，清國無力繼續過問琉球問題，琉球遂在國際默認下歸屬日本，清國與日本之間並沒有簽訂任何條約，正式放棄琉球的宗主權改歸日本。 「牡丹社事件」後，中國體認到台灣的重要性，轉為積極治理台灣，增設府縣，並在1885年設省。「牡丹社事件」前，台灣東部不屬於清廷治理範圍。牡丹社事件之後，清廷體認到台灣的重要性，轉為積極經營台灣，增設府縣，並對台灣東部及原住民地區以「開山撫番」進行開發、征服及台灣東西部越嶺古道，從未有效統治原住民地區。並於1884年爆發清法戰爭後，1885年建立福建台灣省。 1895年中日甲午戰爭清朝戰敗，日本藉由馬關條約取得台灣後，鑒於此次攻台與接收過程中病死人數遠多於戰死，決意在台灣積極著手規劃建設醫療衛生設備，以方便統治台灣。