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ニッポン対ゴジラ。東京湾・羽田沖。突如、東京湾アクアトンネルが巨大な轟音とともに大量の浸水に巻き込まれ、崩落する原因不明の事故が発生した。首相官邸では総理大臣以下、閣僚が参集されて緊急会議が開かれ、内閣官房副長官・矢口蘭堂は、海中に棲む巨大生物による可能性を指摘。周囲は矢口の意見を一笑に付すものの、直後、海上に巨大不明生物の姿が露わになった…。